Epigenetics and Beyond
Decades of sequencing and dissecting the human genome have confirmed that the real causes of ill health are environmental and social Des décennies de séquençage et de dissection du génome humain ont confirmé que les causes réelles des problèmes de santé sont environnementales, écologiques et sociales.
It is not the genetic messages encoded in genomic DNA but environmentally-induced epigenetic modifications that overwhelmingly determine people's health and well-being. Ce ne sont pas les messages génétiques qui sont codés dans l'ADN génomique, mais bien des modifications épigénétiques induites par l'environnement, qui déterminent de façon magistrale le bien-être et la santé des individus et des populations. Par le Dr. Mae-Wan Ho .
Le texte original en anglais et les références sont accessibles sur le web par : https://www.i-sis.org.uk/fromGenomicsToEpigenomics.php
Some of us had predicted that the US$ 3 billion project to sequence the human and other genomes would fail to deliver its extravagant promises [1, 2] ( Genetic Engineering Dream or Nightmare , I-SIS publication; Human Genome -The Biggest Sellout.in Human History , I-SIS Report); and we were right [3] ( Why Genomics Won't Deliver , SiS 26). Certains d'entre nous avaient prédit que les 3 milliards de dollars du projet de séquençage du génome humain et les autres qui ne parviendraient pas à tenir leurs promesses extravagantes [1, 2] ] ( Genetic Engineering Dream or Nightmare , I-SIS publication; Human Genome -The Biggest Sellout.in Human History , I-SIS Report). Nous avions vu juste et nous avions raison [3] ( Why Genomics Won't Deliver , SiS 26).
The Human Genome Project was followed by HapMap, a public-private research consortium dedicated to finding genetic variants that predispose people to common illnesses such as cancer, Alzheimer's and cardiovascular disease. Le projet du génome humain a été suivi du projet HapMap , un partenariat public-privé, sous forme d'un consortium de recherche scientifique dédié à des travaux de recherche sur des variants génétiques qui prédisposent les gens à des maladies comme le cancer, la maladie d'Alzheimer et les maladies cardiovasculaires.
Le projet HapMap was launched in Washington in 2002 [4], involving scientists and funding agencies from Japan, the UK, Canada, China, Nigeria, and the US. It would cost US$100million and take three years to complete. HapMap a été lancé à Washington en 2002 [4], impliquant des scientifiques et des organismes de financement en provenance du Japon, du Royaume-Uni, du Canada, de Chine, du Nigeria et des États-Unis. Il en coûterait 100 millions de $ US et il durerait trois ans. Francis Collins, who headed the Human Genome Project, and now Director of the US National Human Genome Research Institute (NHGRI), said: “The HapMap will provide a powerful tool to help us take the next quantum leap toward understanding the fundamental contribution that genes make to common illnesses like cancer, diabetes and mental illnesses.” Companies like Affymetrix and Illumina developed powerful gene chips for scanning the human genome. Francis Collins, qui a dirigé le projet du génome humain et qui est maintenant directeur de l'US National Human Genome Research Institute ( NHGRI ), a déclaré: 'Le HapMap constituera un outil puissant pour nous aider à faire le prochain pas de géant vers la compréhension de la contribution fondamentale que les gènes apportent à des maladies comme le cancer, le diabète et les maladies mentales' .
Des entreprises comme Illumina et Affymetrix ont développé des puces génétiques pour l'analyse du génome humain. Medical statisticians designed the genome-wide association study, a robust method for discovering ‘true' disease genes and avoid the many false positives that have dogged the field [5]. Des médecins statisticiens ont conçu une étude associative pour le génome entier, une méthode robuste pour découvrir les «véritables» gènes responsables de maladies et pour éviter les nombreux faux positifs qui ont empoisonné ce terrain de recherche [5].
In 2006, Elias Zerhouni, director of the US National Institutes for Health predicted that: “comprehensive, genomics-based health care will become the norm, with individualized preventive medicine and early detection of illnesses [6]. En 2006, Elias Zerhouni, directeur de l 'US National Institutes for Health prédit que: ' des soins de santé globale, fondés sur la génomique , deviendront la norme, avec une médecine préventive individualisée et un dépistage précoce des maladies ' [6]. A year later, AmpliChip announced the new era of pharmacogenomics worldwide, as its test for cytochrome P450 genes can help drug providers prescribe selective serotonin reuptake inhibitors in the treatment of adults with depression [7]. Un an plus tard, AmpliChip a annoncé la nouvelle ère de la pharmacogénomique dans le monde entier, puisque son test pour le gène de cytochrome P450 peut aider les fournisseurs de médicaments à prescrire les inhibiteurs sélectifs du recaptage de la sérotonine, pour le traitement des adultes souffrant de dépression [7]. The era of “genomics medicine” has arrived [8]; or has it? L'ère de la ' médecine génomique 'est-elle ou non arrivée [8] ?
The reality behind the hype is something else. La réalité qui se cache derrière ce battage médiatique est d'une tout autre nature. The lack of progress is such that in January 2008, the 1000 Genomes Project was announced [8]; its aim was to sequence at least 1 000 individual human genomes, and to look, again, for genetic susceptibilities to common diseases “at a resolution unmatched by current resources.” Some of the HapMap organisations have committed major support to the new project: Beijing Genomics Institute in Shenzhen, China, the Wellcome Trust Sanger Institute in Cambridge, UK, and the NHGRI. L'absence de progrès est tel qu'en Janvier 2008, le ' Projet 1000 Genomes ' a été annoncé [8], son but était de séquencer d'au moins '1 000 génomes' humains et d'étudier en particulier, de nouveau, les sensibilités génétiques aux maladies communes ' à une résolution inégalée par les ressources actuelles '. Certaines des grandes organisations du projet HapMap se sont engagées à soutenir le nouveau projet: l'Institut de génomique de Beijing, à Shenzhen, en Chine, le Wellcome Trust Sanger Institute à Cambridge, au Royaume-Uni et le NHGRI. Three US sequencing companies joined the consortium in June 2008: 454 Life Sciences, a Roche company in Branford, Conn, Applied Biosystems, an Applera Corp business in Foster City, California, and Illumina Inc., in San Diego, California. Trois compagnies américaines de séquençage ont rejoint le consortium en Juin 2008: '454 Life Sciences' , une société du groupe Roche à Branford, dans le Connecticut, Applied Biosystems , une entreprise du groupe Applera Corp , de Foster City, en Californie et Illumina Inc , de San Diego, en Californie.
The genomes of any two humans are more than 99 percent identical. It is hoped that the small fraction of genetic material that varies among people holds valuable clues to individual differences in disease susceptibility, response to drugs and sensitivity to environmental factors. Les génomes de deux êtres humains donnés ont plus de 99 pour cent de similitudes. Il est à espérer que la petite fraction de matériel génétique, qui varie entre les personnes, détient de précieux indices quant à des différences de sensibilité à des maladies, à la réponse aux médicaments et à la sensibilité aux facteurs environnementaux.
The 1000 Genomes Project is to build upon the HapMap comprehensive catalogue of human genetic variation organized into blocks called haplotypes. The HapMap catalogue laid the foundation for the recent [8] “explosion of genome-wide association studies that have identified more than 130 genetic variants linked to a wide range of common diseases, including type 2 diabetes, coronary artery disease, prostate and breast cancers, rheumatoid arthritis, inflammatory bowel disease and a number of mental illnesses.” Le projet '1000 Génomes' vise à s'appuyer sur le catalogue complet du projet HapMap, qui donne les variations génétiques des êtres humains, organisées en blocs appelés haplotypes. Le catalogue HapMap a jeté les bases de la récente [8] ' explosion des études associatives du génome entier, qui ont identifié plus de 130 variantes génétiques liées à un large éventail de maladies, y compris le diabète de type 2, une maladie coronarienne, une affection de la prostate et les cancers du sein, l'arthrite rhumatoïde, une maladie inflammatoire de l'intestin et un certain nombre de maladies mentales .'
However, the HapMap catalogue only identifies genetic variants present at a frequency of 5 percent or greater, while the 1000 Genomes Project catalogue will map many more details of the human genome and identify variants present at a frequency of 1 percent across most of the genome, and down to 0.5 percent or lower within genes. Toutefois, le ‘catalogue génétique' HapMap identifie uniquement des variantes génétiques présentes à une fréquence de 5 pour cent ou plus, tandis que le catalogue du projet '1000 Genomes' fournira beaucoup plus de détails sur le génome humain et permettra d'identifier les variantes présentes à une fréquence de 1 pour cent dans la plupart du génome, et à 0,5 pour cent ou moins à l'intérieur des gènes. Francis Collins said it is like building bigger telescopes; “the results of the 1000 Genomes Project will give us greater resolution as we view our own genetic blueprint. Francis Collins a déclaré que c'était comme de construire des télescopes plus grands; « les résultats du projet 'Genomes 1000' nous donneront une plus grande résolution pour que nous considérions notre propre code génétique. We'll be able to see more clearly than before and that will be important for understanding the genetic contributions to health and illness.” The project is estimated to cost around $60 million. Nous serons en mesure de voir plus clairement que par le passé et cela sera important pour la compréhension des contributions de la génétique à la santé et aux maladies ». Le projet est estimé à environ 60 millions de dollars états-uniens.
By June 2008, the 1000 Genomes Project has generated such vast quantities of data that the information is taxing the current capacity of public research databases. En Juin 2008, le projet '1000 Genomes' avait généré de telles énormes quantités de données que l'information est en train de mettre à l'épreuve la capacité actuelle des bases de données de la recherche publique. But information is not knowledge; genome sequences are telling us next to nothing on disease susceptibilities. Mais l'information n'est pas le savoir; les séquences génomiques nous disent presque sur les sensibilités aux maladies.
By September 2008, David B. Goldstein at Duke University, a leading young population geneticist known partly for his research into the genetic origins of the Jews, said the effort to pin down disease susceptibility genes is not working. En Septembre 2008, David B. Goldstein, à l'Université Duke, un généticien chef de file de la jeune génération, connu en partie pour ses recherches sur les origines génétiques des Juifs, a déclaré que le but de cerner les gènes de sensibilités aux maladies ne fonctionne pas.
There is absolutely no question that for the whole hope of personalized medicine, the news has been just about as bleak as it could be,” he told the New York Times [5]. « Il n'y a absolument aucun doute dans l'ensemble pour qui concerne l'espoir de disposer d'une médecine personnalisée, l'actualité a été à peu près aussi sombre qu'elle pouvait l'être », a-t-il dit au New York Times [5]. The HapMap and other techniques developed to make sense of the human genome was a “tour de force”, but has produced only a handful of genes accounting for very little in explaining genetic predisposition to diseases: for schizophrenia and bipolar disorder, almost nothing, for type 2 diabetes, 20 variants that explain only 2 to 3 percent of familial clustering, and so on. Le projet HapMap et d'autres techniques mises au point pour donner un sens au génome humain a été un «tour de force», mais ils n'ont produit qu'une poignée de gènes qui représentent très peu dans l'explication de la prédisposition génétique aux maladies: la schizophrénie et le trouble bipolaire, presque rien, pour le diabète de type 2, 20 variantes qui n'expliquent que de 2 à 3 pour cent d'un regroupement familial, etc…
The reason for this disappointing outcome, in his view, is that natural selection has been far more efficient at eliminating disease-causing variants than people thought, so these variants are rare. La raison de ce résultat décevant, à son avis, est que la sélection naturelle a été beaucoup plus efficace pour éliminer les variantes qui sont la cause de pathologies, et plus que les gens ne le pensaient, de sorte que ces variantes sont rares. It takes large, expensive studies with hundreds of patients in different countries to find even common disease variants, so rare variants are simply beyond reach. Il faudrait des études de très grande ampleur et très coûteuses, ainsi que des centaines de patients dans les différents pays, pour trouver des variantes se rapportant aux maladies : de si rares variantes sont tout simplement hors de notre portée.
It's an astounding thing,” said Goldstein, “that we have cracked open the human genome and can look at the entire complement of common genetic variants, and what do we find? « C'est une chose étonnante », a déclaré Goldstein, « que nous ayons mis à jour le génome humain, que nous puissions regarder complètement l'ensemble de variants génétiques et pour trouver quoi ? Almost nothing. Presque rien. That is absolutely beyond belief.” Tout ceci est à peine croyable ».
Goldstein is not alone in this bleak assessment of genomics. Concern has been raised for several years over commercially available gene tests offered to consumers, especially ‘predictive genomic profiling' testing for variants in different combinations of genes for risks to illnesses such as lung cancer, type 2 diabetes or cardiovascular disease that are supposed to give people personalised nutrition and other life-style health recommendations. Goldstein n'est pas le seul dans cette sombre évaluation de la génomique. Des inquiétudes ont été exprimées pendant plusieurs années, sur les tests génétiques disponibles dans le commerce et proposés aux consommateurs, en particulier pour le «profilage génomique prédictif» avec des variantes dans différentes combinaisons de gènes pour les risques de maladies telles que le cancer du poumon, le diabète de type 2 ou les maladies cardio-vasculaires, qui sont censées donner aux gens des recommandations personnalisées portant sur la nutrition et d'autres style de vie se rapportant à une bonne santé.
Recently, researchers at Erasmus MC University Medical Center Rotterdam in The Netherlands critically appraised these genomic profiling now offered online by at least seven companies testing for variants in 56 genes. Récemment, des chercheurs de l'établissement MC Erasmus University Medical Center de Rotterdam aux Pays-Bas, ont évalué de façon critique ces profilages génomiques qui sont maintenant offerts en ligne [par Internet] par au moins sept entreprises et qui, proposent de tester 56 variantes de gènes. For 24 of the genes, there were no available studies to show that the profiling was useful in the general population. Pour 24 de ces gènes, il n'y avait pas d'études disponibles qui montrent que le profil était utilisable dans la population générale. Of the remaining, only variants in 25 genes showed significant associations with risks in 28 diseases, but the associations were generally modest, and many of associations were with diseases unrelated to the condition for which the profiling was intended [10]. Pour le reste, des variantes de 25 gènes ont seulement montré des associations significatives avec des risques pour 28 maladies, mais les associations ont été généralement modestes, et beaucoup d'associations concernent des maladies qui ne sont pas liées à la condition pour laquelle le profil était destiné [10].
These weak associations most certainly do not mean that people carrying ‘high' risk variants will definitely develop the disease, nor do they give licence to those carrying ‘low' risk variants to adopt unhealthy lifestyles with impunity. As one critic commented [11], the genetic information provided by such direct to consumer genomics is “nearly all, to varying degrees, inaccurate, misleading or merely useless.” Très certainement, ces associations faibles ne signifient pas que les personnes présentant des variantes à «haut» risque vont très certainement développer la maladie, ni que des personnes portant des variantes à «faible» risque, doivent s'autoriser à adopter des modes de vie malsains, en toute impunité. Comme l'a commenté un critique [11], les informations génétiques fournies par ces accès directs à la génomique auprès des consommateurs sont « presque toutes, à des degrés divers, inexactes, trompeuses ou tout simplement inutiles ».
The real reasons genomics profiling fail, however, is not due to lack of data, or that natural selection is so effective in eliminating deleterious variants. It is the genomics project itself that is misguided. Les véritables raisons de l'échec des profils génomiques, cependant, ne sont pas dues un manque de données, ou au fait que la sélection naturelle ait été si efficace dans l'élimination des variantes délétères. C'est bien le projet de la génomique lui-même qui était erroné.
Critical voices had been raised against the genomics projects from within the scientific establishment since 2003; and soon afterwards, it became clear why genome sequences could tell us little about disease susceptibility, and much less, how to make designer babies. Des opinions critiques ont été formulées contre les projets de la génomique au sein de la communauté scientifique depuis 2003, et il est apparu peu après évident : on sait pourquoi les séquences du génome ne peuvent nous dire que peu de choses sur les sensibilités aux maladies et encore beaucoup moins sur la manière de faire des bébés. That's basically because the genome is fluid and dynamic, and impossible to pin down; the actions are predominantly in the ‘hidden' parts of the genome that don't code for proteins, especially in epigenetic processes in response to the environment [3]. C'est essentiellement parce que le génome est fluide et dynamique, impossible à cerner ; les actions se déroulent majoritairement dans des parties «cachées» du génome qui ne codent pas pour des protéines, en particulier dans les processus épigénétiques en réponse à l'environnement [3 ].
Even the conventional gene sequences that constitute only 1.5 percent of the genome are far from simple, as revealed by the findings of project ENCODE (Encyclopedia of DNA elements) organised by the NHGRI, and published in July 2007 [12]. Même les séquences de gènes classiques qui ne représentent que 1,5 pour cent du génome sont loin d'être simples, comme l'ont révélé les résultats du projet ENCODE ( Encyclopedia of DNA éléments ), organisés par le NHGRI, et publiés en Juillet 2007 [12]. ENCODE involved a consortium of 35 research groups that went through 1 percent of the human genome with a fine-tooth comb to find out exactly how genes work, and came up with some major surprises. ENCODE est un consortium de 35 groupes de recherche qui passèrent au peigne fin 1 pour cent du génome humain pour savoir exactement comment les gènes fonctionnent et qui fut amené à faire des constats très surprenants..
As Barry Patrick wrote of the ENCODE findings in Science News [13]: “genes are proving to be fragmented, intertwined with other genes, and scattered across the whole genome.” Comme l'a écrit Patrick Barry à propos des résultats de ENCODE dans la revue Science News [13]: «il s'avère que les gènes sont fragmentés, liés à d'autres gènes et dispersés sur l'ensemble du génome ».
Indeed, within the human and other mammalian genomes, coding sequences are in bits (exons) separated by non-coding introns; and exons contributing to a single protein could be in different parts of the genome. En effet, dans les génomes des êtres humains et d'autres espèces de mammifères, les séquences codantes se trouvent en bits (exons) séparés par des introns non codants ; et des exons qui contribuent à la biosynthèse d'une seule protéine peuvent se situer dans différentes parties du génome. Coding sequences of different proteins frequently overlap. Les séquences de codage de protéines différentes se chevauchent souvent. Regulatory signals are similarly scattered upstream, downstream, within the coding sequence or in some other distant part of the genome [14] (see GM is Dangerous and Futile , SiS 40). Les signaux de régulation sont également dispersés en amont, en aval, au sein de la séquence codante ou dans une autre région éloignée du génome [14] (voir GM is Dangerous and Futile , SiS 40).
The potential repertoire of proteins that can be made by combining different exons is perhaps a million times larger than the official number of about 20 000 genes identified in the human genome. Which exons are recruited to make specific proteins depends entirely on the environmental contexts . Le répertoire potentiel des protéines qui peuvent être biosynthétisées par la combinaison de différents exons est peut-être un million de fois plus grand que le nombre officiel d'environ 20.000 gènes qui ont été identifiés dans le génome humain. Les e xons qui sont mis en œuvre, pour faire des protéines, dépendent entièrement des contextes environnementaux.
Genome DNA sequences therefore really determine very little; it is our individual environmental experiences that overwhelmingly shape our own health as well as the health of our offspring, and possibly, our offspring's offspring. Les séquences d'ADN du génome sont vraiment très peu déterminantes dans tout cela ; ce sont véritablement les expériences individuelles vécues dans notre environnement qui vont déterminer majoritairement la forme de notre propre santé, ainsi que la santé de nos enfants et, éventuellement, la santé de la progéniture de nos descendants.
The new discipline of epi genetics is the study of inheritance ‘outside' genetics, ie, not due to the DNA of the genome. La nouvelle discipline de l' épi génétique est l'étude de la génétique de l'hérédité 'extérieure', c'est-à-dire pas seulement dépendante de l'ADN du génome. This definition is the best I can think of that covers all examples to-date described in this series [15] ( Epigenetics and Beyond series, SiS 41). Cette définition est la meilleure que je puisse imaginer, qui couvre tous les exemples décrits à ce jour dans cette série d'articles [15] ] ( Epigenetics and Beyond series, SiS 41). It reveals how distinctly different proteins are assembled from separate exons; how specific genes are marked to be expressed or not, according to environmental context, how messages transcribed are altered, and even recoded in the genome; all of which were unthinkable to most people just a few years ago.
L'épigénétique révèle comment les protéines distinctes et différentes sont assemblées à partir d'exons séparés ; comment certains gènes sont marqués pour être exprimés ou non, en fonction du contexte environnemental ; comment les messages sont transcrits sont modifiés et même recodés dans le génome : toutes situations qui auraient été impensables pour beaucoup de gens il y a quelques années.
These findings violate fundamental tenets of heredity, ie, genetic determinism, that have dominated biology for a hundred years: the firm belief that the environment can never directly affect the genes, and characters acquired during one's life time cannot be inherited. Ces résultats violent les principes fondamentaux de l'hérédité, c'est-à-dire, le déterminisme génétique, qui a dominé la biologie pendant une centaine d'années: la ferme conviction que l'environnement ne peut pas influer directement sur les gènes et que les caractères acquis au cours de la durée de la vie ne peuvent pas être hérités.
Epigenetics has put an end to genetic determinism; but by no mean supports environmental determinism. L'épigénétique a mis un terme au déterminisme génétique [ sensu stricto ], mais ne soutient pas non plus la notion d'un déterminisme d'origine environnementale. The hallmark of epigenetic inheritance is its dynamism and plasticity. La marque de l'hérédité épigénétique est son dynamisme et sa plasticité. Although the environmental epigenetic influence persists for varying periods of time, and can be transmitted across generations, it can also be reversed, or changed further by altering the environment in an appropriate way [16] (see Caring Mothers Strike Fatal Blow against Genetic Determinism , SiS 41). Bien que l'influence épigénétique de l'environnement puisse persister pendant des périodes variables, et peut être se trouver transmise entre les générations, elle peut aussi être inversée, ou être modifiée en changeant les conditions de l'environnement d'une manière appropriée [16] (voir Caring Mothers Strike Fatal Blow against Genetic Determinism , SiS 41).).
Faced with the ever-expanding molecular complexities discovered soon after the human genome was sequenced, ‘systems biology' was invented in academic institutions to curate a series of ‘bio-informatics' databases all ending in ‘omics': ‘transcriptomics', for all RNA transcripts, the vast majority not coding for protein; ‘proteomics', for all proteins translated; and ‘metabolomics' for all metabolites made by chemical reactions in the body; in the vain hope that the true meaning of life will emerge from the data deluge [17] ( No System in Systems Biology , SiS 21). Face à la complexité moléculaire qui est apparue peu après que le génome humain ait été séquencé, la 'biologie des systèmes' a été inventée dans les institutions universitaires et académiques afin de conserver toute une série de bases de données 'bio-informatiques' qui se terminent toutes par le suffixe «-omes»: ‘transcriptome', pour tous les ARN transcrits, dont la grande majorité ne codent pas pour des protéines; ‘protéomique', pour toutes les protéines traduites et ‘métabolome' pour tous les métabolites biosynthétisés par des réactions chimiques dans le corps des êtres vivants, avec le vain espoir que le vrai sens de la vie pourrait apparaître à partir de ce déluge de données [17] ] ( No System in Systems Biology , SiS 21).
Now, more than five years later, ‘epigenomics' is jostling for its own databases to top all databases. Maintenant, après presque cinq années de recul, l'épigénomique se bouscule pour que ses propres bases de données se retrouvent en tête de toutes les autres bases de données. The Human Epigenome Pilot Project has begun with a consortium that includes the Wellcome Trust Sanger Institute in the UK, Epigenomics AG, a transatlantic biotech company with headquarter in Berlin, Germany, and the Centre National de Génotypage, a French Government research institute [18]. Le projet pilote de l'épigénome humain a commencé avec un consortium qui comprend le Wellcome Trust Sanger Institute en Grande-Bretagne, Epigenomics AG , une société de biotechnologie transatlantique qui a son siège à Berlin, en Allemagne, et le Centre National de Génotypage, un institut de recherche du gouvernement français [18] . It aims to identify DNA methylation variable positions (MVPs) in the human genome. Il vise à identifier les positions de méthylation variable de l'ADN ( MVPs ) dans le génome humain. DNA methylation is only one among dozens of epigenetic mechanisms that alters the gene expression states or genetic messages in cells and tissues. La méthylation de l'ADN n'est que l'un des mécanisme, parmi des dizaines d'autres mécanismes épigénétiques, qui modifie l'expression des gènes ou des messages génétiques dans les cellules et les tissus.
The epigenome is an ever-changing, ever-evolving entity; there being potentially as many epigenomes as cells or tissues within a single organism, depending on the micro-environmental contexts. L'épigénome est en perpétuel changement d'état, une entité toujours en évolution ; il y a potentiellement autant d'épigenomes que de cellules ou de tissus à l'intérieur d'un seul organisme vivant, en fonction des contextes micro-environnementaux. Indeed, monozygotic (genetically identical) twins do not always show the same disease susceptibilities; and it has been reported that young twins have similar DNA methylation whereas older twins differ considerably in both the amounts and patterns of DNA methylation [19], and most likely in other epigenetic markers acquired during the different individual experiences of each twin. En effet, les jumeaux monozygotes (génétiquement identiques) ne font pas toujours preuve de la même sensibilité aux maladies et il a été signalé que les jeunes jumeaux ont une méthylation de l'ADN similaire alors que les jumeaux âgés diffèrent considérablement, à la fois dans les modèles et dans l'intensité de la méthylation de l'ADN [19], et il en est vraisemblablement de même pour d'autres marqueurs épigénétiques acquis au cours des différentes expériences individuelles de vie de chacun des jumeaux.
The epigenome of MVPs alone is unlikely to predict disease susceptibility as promised. L'épigénome des positions de méthylation variable ( MVPs ), considéré seul, n'est pas en état de prédire la sensibilité des maladies comme cela avait été envisagé et promis. At best, epigenomics may suggest appropriate environmental interventions for individuals after extensive and costly ‘epigenomic typing'; and it is not clear that is feasible. Au mieux, l'épigénomique peut suggérer des interventions appropriées en matière d'environnement pour les personnes, après une longue et coûteuse ‘description épigénétique' et il n'est pas encore certain que cela soit bien faisable. Even if the capacity of current public databases could be expanded to accommodate these colossal catalogues, and all existing scientists were to be deployed in annotating and servicing the databases, it might still take more time than the age of the universe to search through them all. Même si la capacité des bases de données publiques pouvaient être augmentées pour tenir compte de ces catalogues colossaux [de données], - et tous les scientifiques disponibles devaient être déployés dans l'annotation et l'entretien des bases de données, - cela pourrait prendre encore plus de temps que l'âge de l'univers pour conduire une recherche approfondie à travers toutes ces informations.
Epigenetics is a new and exciting discipline, but the last thing it calls for is yet more mind-numbing cataloguing exercises and databases. L'épigénétique est une discipline nouvelle et passionnante, mais la dernière chose qu'elle demande est encore davantage d'esprit d'engourdissement pour réaliser les exercices de catalogage des bases de données.
It has long been recognized that in stark contrast to the subtle effects of susceptibility genes, environmental effects swamp out even large genetic differences [1]. Il est reconnu depuis longtemps que, par contraste avec les effets subtils des gènes de sensibilité, les effets de l'environnement entraînent même de grandes différences génétiques [1].
For example, toxic agents in the environment were found to scramble genome sequences to produce new transcripts linked to a range of chronic illnesses such Gulf War Syndrome, chronic fatigue syndrome, autoimmune diseases and leukaemia [20] (see Health and the Fluid Genome series, SiS 19). Par exemple, il a été trouvé que des agents toxiques présents dans l'environnement peuvent brouiller les séquences génomiques et produire de nouvelles transcriptions liées à un éventail de maladies chroniques telles le Syndrome de la guerre du Golfe, le Syndrome de fatigue chronique, les leucémies et les maladies auto-immunes [20] (voir Health and the Fluid Genome series, SiS 19).
A new subdiscipline of Epigenetic Toxicology [21] ( SiS 41) has emerged in recognition that toxic agents can have heritable epigenetic effects not only on individuals exposed, but also on their offspring Une nouvelle sous-discipline : l'écotoxicogie épigénétique, voir Epigenetic Toxicology [21] ( SiS 41), a vu le jour en reconnaissance du fait que des agents toxiques peuvent avoir des effets épigénétiques héréditaires, non seulement sur les individus exposés, mais aussi sur leur progéniture
I can do no better than repeat my earlier warning that preoccupation with genomics and other ‘bio-informatics' databases can only distract us from addressing the real causes of ill health [1-3], which are predominantly environmental and social, as all the findings in the new discipline of epigenetics are telling us in no uncertain terms. Je ne peux que répéter ma préoccupation que la mise en garde de la génomique et les autres applications de la bio-informatique des bases de données ne peuvent nous détourner de nous attaquer aux véritables causes des maladies [1-3], qui sont essentiellement écologiques et sociales, comme toutes les conclusions dans la nouvelle discipline de l'épigénétique nous le disent en termes non équivoques .
To keep our genome, and much more so, our epigenome, healthy, we need a balanced ecosystem free from pollutants, we need to move away from industrial monoculture to a biodiverse, sustainable agriculture [22] ( Food Futures Now *Organic *Sustainable *Fossil Fuel Free , I-SIS publication). Pour conserver notre génome, et beaucoup plus encore, notre épigénome, en bonne santé, nous avons besoin d'un équilibre de l'écosystème qui soit sans polluants ; nous avons besoin de nous éloigner de la monoculture industrielle et de travailler à une l'agriculture durable qui respecte la biodiversité, [22] (Food Futures Now * Organic * Sustainable * Fossil Fuel Free, I-SIS publication).
Sustainable agriculture free from chemical inputs and consumed locally is the only way to overcome both macronutrient and micronutrient deficiencies that compromise our physical and mental health, and our natural immunity against infectious diseases [23] ( Unraveling AIDS , I-SIS publication) We also need social policies that guarantee equal opportunities for all, and prevent the environmental deprivations we now know to have devastating epigenetic effects across several generations [16, 21]. Une agriculture durable, exempte de produits chimiques, et des productions alimentaires qui soient consommées localement, sont la seule façon de remédier à la fois aux carences en macronutriments et en micronutriments, qui compromettent notre santé physique et mentale, ainsi que notre immunité naturelle contre les maladies infectieuses [23] (Unraveling AIDS, I-SIS publication). Nous avons aussi besoin de politiques sociales qui garantissent l'égalité des chances pour tous et qui préviennent les atteintes dues à l'environnement, qui peuvent avoir, nous le savons maintenant, des effets épigénétiques dévastateurs sur plusieurs générations successives [16, 21].
Article first published 19/01/09
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